Wowereits Stimmenthaltung war dem Koalitionsfrieden in der rot-roten Koalition im Bundesland Berlin geschuldet. Bei unterschiedlichen Positionen zu Fragen, die im Bundesrat zur Abstimmung stehen, war im Koalitionsvertrag Stimmenthaltung vereinbart worden. Einen Tag nach der Abstimmung, bei der das Abstimmungsverhalten Berlins aufgrund der gegebenen Mehrheitsverhältnisse nicht entscheidend war, wird der Linkspartei vor allem aus den Reihen der SPD Regierungsunfähigkeit auf Bundesebene vorgeworfen.
Der SPD-Europaabgeordnete Jo Leinen kritisierte Wowereit wegen dessen Enthaltung mit den Worten: „Wowereit hätte Flagge zeigen müssen.“ Und: „Bei einer so strategischen Frage wie der europäischen Einigung muss die Staatsräson vor der Parteiräson gehen.“ Angesichts des von der Linken ausgeübten Drucks in der Frage des EU-Reformvertrages sei diese Partei auf Bundesebene nicht regierungsfähig. Ein „positives Verhältnis zur europäischen Einigung“ machte er zum Prüfstein für die Haltung gegenüber dieser Partei. Auch der sozialdemokratische Fraktionschef im Europaparlament, Martin Schulz (SPD), attestierte der Linkspartei wegen ihrer Haltung in dieser Frage „die völlige Regierungsunfähigkeit der Linkspartei auf Bundesebene“. Ähnlich äußerten sich der Bundesvorsitzende der SPD, Kurt Beck, und Vizekanzler Frank-Walter Steinmeier.
Wowereit warf seinem Koalitionspartner in Berlin vor, sich vom Bundesvorsitzenden der Linkspartei, Oskar Lafontaine, gängeln zu lassen: „Ich habe den Eindruck, dass Lafontaine billigend in Kauf nimmt, dass die Koalition in Berlin platzt.“
